穩定的生態有機肥發酵菌劑是制造優質生態有機肥的關鍵 ，生產生態有機肥包括菌劑生產 、肥料制造和產品檢驗包裝等工序過程 ，其中菌劑生產尤其重要 ，它包括菌種選育 、菌劑發酵、質量檢測、包裝與貯存和運輸等環節，技術水平要求高，對下游生產肥料質量影響很大 ，是生產生態有機肥的關鍵 ，需嚴格把關 ，嚴格控制 ， 應集中技術力量強的企業專門生產 ，以有利于保證菌劑質量和產品更新開發。

傳統采用堆肥 、漚肥等方法生產有機肥料技術粗放 ，利用肥料中原有微生物自然接種 ，露天堆漚 ，基本為有機質腐爛過程 ，其周期較長如一般秸稈堆肥需 1～2個月，且不具有其他生態肥效。而采用人工接種快速堆肥菌劑堆制
秸稈肥料可快速腐熟 ，20d左右即可達傳統堆肥腐熟程度 ，且施人土壤后具有肥效和 固 N、解 P、解 K及改善生態環境等功效 ，因此用于生產生態有機肥的菌劑質量十分重要。我國過去推廣應用生物肥料幾起幾落 ，其主要原因是受菌劑質量問題所限。要保證菌劑質量一是要選擇具有優 良特性的菌種，保證菌種生產過程中不衰退 、不混雜。菌種衰退是由量變到質變的演變過程 ，開始群體中只有個別細胞發生負變或混雜少數雜菌 ，這時若不及時采取有效措施，而一味繼續移接轉代 ，則群體中這種負變細胞或混雜菌 比例逐步增高并 終 占優勢，從而使整個群體表現出嚴重衰退 ，使菌劑失效 ；二是要采用合適菌劑生產工藝 ，此類菌劑生產一般是多菌種混合發酵過程 ，各種菌群比例和生長量必須通過適 當營養配方、適宜培養條件和先進的工藝流程加以控制 ，因此需要集中生產和科學管理。